El clima es subtropical con lluvias uniformes durante todo el año en el este; a orillas del río Paraguay, las máximas precipitaciones oscilan entre los 1000 y 1200 mm; mientras que en el resto del territorio muestra una estación seca en el invierno, con registros estacionales en el verano, que en el límite con Salta es de solo 600 mm. Durante el verano, que en la provincia es largo y caluroso, las temperaturas ascienden a más de 45 ºC en todo el territorio, sensiblemente más agradables en el sudeste, mientras que en el invierno, en algunos días suele descender hasta los 0 ºC por acción del viento pampero, produciéndose heladas.

El viento norte es otro de los rasgos distintivos de la región, que sopla con fuerza a partir de fines de agosto hasta principios de abril; es un viento cálido y húmedo, y afecta a la población provocando cambios en el estado de ánimo. La desigual humedad determina diferencias en la vegetación. Cerca de los ríos se desarrolla la selva en galería, con ejemplares como el algarrobo, palo amarillo y palo santo. Hacia el oeste aparece el bosque chaqueño donde crece el quebracho colorado y quebracho blanco, el lapacho, el urunday, el guayaybí, la espina corona, la guaraniná, el palo lanza, el ibirá-pitá, el urunday, el palo blanco, el timbó y las palmeras yatay y pindó. Mas Información sobre el Clima en Formosa