San Juan posee un clima con una elevada continentalidad, es decir que no posee influencia oceánica, es seco, de escasas precipitaciones. El clima influye en los sistemas de modelado, el los regímenes fluviales, en los tipos de suelos y en las formaciones vegetales. Por ejemplo, las precipitaciones de tipo nívia se dan a las alta montaña y líquida en resto del territorio, con una importante amplitud térmica, anual y diaria, siendo la misma la más elevada de la Argentina. Una particularidad de la provincia es la presencia de un viento local, el Zonda. Un viento muy cálido y seco que sopla desde el oeste, es cálido y seco debido al "efecto Föhn" extremado por adiabasis- que sufre al atravesar las elevadas cordilleras de los Andes, ya que aquí se encuentran algunos de los picos más elevados del Hemisferio Occidental.

Las zonas de la precordillera, las "travesías" y Sierras Pampeanas en San Juan, tienen por lo general (en el siglo XX) un clima árido de sierras y campos, con oasis de riego.El clima presenta una gran amplitud térmica, dado que en invierno se alcanzan temperaturas que pueden alcanzar los cinco grados bajo cero y en verano las temperaturas máximas superan los cuarenta grados. San Juan tiene el clima llamado árido de sierra. Como característica principal se distingue su sequedad ya que el promedio de lluvias no supera los 200 mm anuales. Las precipitaciones se producen en las estaciones cálidas, evaporándose casi inmediatamente el agua caída. Su cielo es limpio y diáfano. En invierno las temperaturas son moderadas. Es característico de la zona el viento Zonda, propio de las comarcas adyacentes a la cordillera. Toma su nombre de la quebrada sanjuanina. Una masa de aire marítimo del Pacífico descarga su humedad al otro lado de la cordillera, sobre territorio chileno, en forma de lluvia en las laderas y de nieve en las cumbres. Pasa al otro lado frío y seco, pero al descender hacia las llanuras, el aire se expande y se calienta a razón de 1ºC por cada 100 metros de desnivel. Si en las cumbres el aire está a 0º llega a sus pies alcanzando los 20 a 25º. El viento Zonda se produce principalmente en los meses de invierno. Mas Información sobre el Clima en San Juan